Le Comité permanent a trois missions principales:
de par son mandat (voir le Code de l’Environnement aux articles R-133-12 et suivants), le comité permanent prépare des avis qui seront donnés par le CNPN plénier. Ce rôle est d’ailleurs amplifié par la délégation donnée au comité permanent par le CNPN pour des avis relatifs à des demandes de dérogation aux mesures de protection des espèces de faune et de flore sauvages.
Le CP est également force de proposition: éléments de politiques publiques, programmes d’action et conseils divers.
Le conseil national désigne en son sein un comité permanent de quatorze membres comprenant sept représentants de chacune des deux catégories mentionnées à l'article R. 133-3, les représentants des ministres de l'équipement et de l'agriculture étant membres de droit du comité au titre de la première catégorie.
Le comité élit un président, un vice-président et un secrétaire général. Ces élections sont soumises à l'approbation du ministre.
Les avis du comité sont émis à la majorité des membres présents ; en cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le comité permanent est chargé de procéder à l'étude préalable de toutes les questions qui sont soumises à l'avis du conseil national. Il désigne à cet effet en son sein ou au sein du conseil national un rapporteur qui peut s'adjoindre des experts pris à l'extérieur du conseil
Le comité peut recevoir délégation du conseil pour formuler un avis au ministre sur tout dossier.
Ce comité peut à son tour donner délégation pour formuler un avis au ministre sur certaines affaires courantes à un des membres, ou à une des sous-commissions du conseil constituée en application de l'article R. 133-11, qui lui en rendent compte régulièrement
Avant l'engagement des procédures de classement, le comité est saisi de tout projet de création de réserve naturelle nationale et de tout projet de création de réserve naturelle en Corse lorsque la procédure de création est instruite par l'Etat au titre du pouvoir de substitution prévu par l'article L. 332-3.
Les fonctions de membre du comité permanent sont gratuites.
Les experts
Peuvent être appelés à assister aux séances du conseil national et du comité permanent, à titre consultatif et pour des questions déterminées, tous personnalités ou représentants d'organismes qualifiés susceptibles de les éclairer. Les fonctions d'expert consulté en vertu des articles R. 133-11, R. 133-16 et R. 133-20 sont gratuites.
Secrétariat administratif
Le secrétariat administratif des séances du conseil national et du comité permanent est assuré par la direction chargée de la protection de la nature du ministère chargé de l'environnement.
- La Commission Aires Protégées
Cette commission rend des avis sur l’opportunité et la qualité de classement d’un territoire en aire protégée et sur la qualité de la gestion mise en place. Ces avis portent sur les projets de création, d’extension de RNN, d’aires marines protégées - La Commission Parcs naturels régionaux et chartes des parcs nationaux
Le rôle principal de celle-ci est de rendre différents types d’avis au ministre chargé de la protection de la nature sur les parcs naturels régionaux - La Commission de la Faune et de ses habitats
La commission Faune a pour principaux objets une activité réglementaire - La Commission de la Flore et de ses habitats
Cette commission a pour mission principale l’examen: de différents projets de listes d’espèces végétales protégées; de plans d’actions et de restauration concernant les espèces végétales ; de projets de listes d’espèces végétales dont l’introduction en milieu naturel est interdite ; la délivrance d’avis relatifs à des demandes de dérogation aux mesures de protection des espèces de flore sauvage.